[Учебный процесс в IT, Научно-популярное, Биотехнологии] Биоинформатика: лекции онлайн-школы 2020
Автор
Сообщение
news_bot ®
Стаж: 6 лет 9 месяцев
Сообщений: 27286
Каждый год летом проходит шестидневная школа по биоинформатике, на которой сто студентов и аспирантов – биологов и программистов – погружаются в изучение основ биоинформатики по интенсивной программе.
В 2020 летняя школа, как и многие другие мероприятия, прошла онлайн и в сокращенном формате. За три дня участники из разных городов России и ближайших стран знакомились с обзором направлений в биоинформатике, пробовали свои силы в программировании, поиске геномных ассоциаций и хемоинформатике.
Традиционно мы записали несколько лекций школы и делимся видео и слайдами. Помеченные звёздочкой «*» можно смотреть без подготовки.
Приятного просмотра!
1. *Биоинформатика в 2025: чего ждать в следующие 5 лет? | Александр Предеус, Институт биоинформатики/University of Liverpool
Видео
Слайды
В течение последних 10 лет геномная биоинформатика пережила стремительный рост популярности и стала обязательной частью практически всех наук о живом. Причина этому — революционный прогресс методов и падение стоимости секвенирования ДНК. Александр представил обзор прогресса в биоинформатике секвенирования и рассказал о своем видении того, как она будет развиваться в ближайшие 5 лет, и какие направления кажутся самыми перспективными. Лектор обсудил секвенирование длинными прочтениями, расширение возможностей современной эпидемиологии и инфекционной медицины за счет геномных исследований, а также развитие транскриптомики одиночных клеток.
2. *Введение в технологии секвенирования и форматы данных | Юрий Барбитов, Институт биоинформатики
Видео
Слайды
Юрий показал принцип процесса секвенирования в современных приборах, форматы хранения сырых и предобработанных данных секвенирования. Отдельно лектор говорил о том, как облачные технологии и платформы позволяют упростить работу с большими биоинформатическими данными.
3. Вычислительные методы в анализе данных масс-спектрометрии | Алексей Гуревич, Центр алгоритмической биотехнологии СПбГУ
Видео
Слайды
Тандемная масс-спектрометрия — мощный аналитический инструмент, применяемый в протеомике, биохимии, разработке новых лекарств и многих других областях. При этом данные масс-спектрометрии устроены значительно сложнее, чем данные секвенирования нового поколения (NGS). Их анализ требует применения нетривиальных вычислительных методов. В лекции рассматриваются базовые понятия и принципы масс-спектрометрии. Алексей рассказывает, какие вычислительные задачи возникают при анализе данных масс-спектрометрии, и как они решаются в современных биоинформатических программах.
4. Методы сравнительной геномики прокариот и их применение для задач эволюционной биологии и биомедицины | Ольга Бочкарева, IST Austria
Видео
Слайды
Ольга рассказала про основные эволюционные процессы, происходящие в геномах прокариот: гомологичную рекомбинацию и горизонтальный перенос генов, а также проблему их влияния на фенотип. Лектор разобрала ряд свежих публикаций, в которых с помощью методов сравнительной геномики были выявлены генетические факторы, сформировавшие новые фенотипические свойства патогенов человека.
5. *Публикации — что-где-когда | Олег Шпынов, JetBrains Research
Видео
Слайды
Лекция Олега посвящена тому, как люди работают с научными публикациями. Лектор пробует дать ответы на волнующие многих вопросы: как находить важное, видеть тренды, и можно ли заранее предсказать успешность статьи.
6. Практика по хемоинформатике и дизайну малых молекул | Тимур Маджидов, КФУ, Казань и Павел Полищук, Университет Палацкого в Оломоуце, Чехия
Видео
Слайды
Хемоинформатика применяет информационные технологии к решению химических проблем. Цель и задача химии, в конечном итоге, – создание молекул, обладающих желаемыми свойствами. Создание лекарственных препаратов как малых молекул с набором определенных параметров биоактивности – одна из таких задач.
В ходе занятия преподаватели дали широкий взгляд на задачи и достижения хемоинформатики. А на практическом примере рассмотрели, как можно применять один из ее инструментов – фармакофорное моделирование – для дизайна молекул с заданной биоактивностью. Отдельно показано, как создавать фармакофорные модели, как валидировать и как использовать их для виртуального скрининга – поиска молекул с желаемыми свойствами.
Для заинтересованных
Школа 2020 состоялась в пандемию благодаря поддержке компании JetBrains, за что выражаем ей огромную благодарность!
Летние школы по биоинформатике проходят каждый год с 2013 года. На YouTube-канале опубликованы в открытом доступе видеозаписи школ прошедших лет по самым разным темам.
Если примеров биоинформатических задач в приведенных лекциях оказалось мало, то можно почитать статью на Habr про анализ данных ChIP-seq, написанную по итогам семестрового проекта в Институте биоинформатики. А для желающих глубоких знаний — до 1 марта открыт прием заявок на программу переподготовки по биоинформатике в Петербурге или онлайн, бесплатную для студентов. Скоро будут проходить дни открытых дверей.
Надеемся, в этом году состоится полноценная летняя школа 2021 и еще больше лекций.
До новых встреч и всем биоинформатики!
===========
Источник:
habr.com
===========
Похожие новости:
- [Учебный процесс в IT] Для российских школьников закупят квесты, симуляторы и подкасты
- [Ненормальное программирование, Математика, Научно-популярное, Старое железо] 12-минутный Мандельброт: фракталы на 50-летнем мейнфрейме IBM 1401 (перевод)
- [Учебный процесс в IT, IT-эмиграция, Карьера в IT-индустрии] Диплом IT-специалиста в разных странах: особенности эвалюации
- [Научно-популярное, Финансы в IT] Исследование: ранний релиз для домашнего просмотра увеличивает доходы от фильмов, а уровень пиратства не растёт
- [Машинное обучение, Научно-популярное, Искусственный интеллект, Здоровье] В МТИ улучшили модель ИИ для предсказания рака груди вне зависимости от цвета кожи
- [Научно-популярное, Астрономия] Науч-поп: как это делали в эпоху Возрождения
- [Исследования и прогнозы в IT, Учебный процесс в IT, Читальный зал, Будущее здесь] Если у родителей нет планов на будущее собственного ребенка, они есть у государства
- [Киберпанк, Научно-популярное, Биотехнологии, Будущее здесь] Дендробот в действии: ловушкой венериной мухоловки научились управлять со смартфона
- [Научно-популярное, Биотехнологии, Физика, Химия] Исследователи создали молекулярные нановолокна прочнее стали
- [Программирование, C#, Учебный процесс в IT] Как избавиться от if-else при помощи команд и обработчиков (перевод)
Теги для поиска: #_uchebnyj_protsess_v_it (Учебный процесс в IT), #_nauchnopopuljarnoe (Научно-популярное), #_biotehnologii (Биотехнологии), #_bioinformatika (биоинформатика), #_videolektsii (видеолекции), #_nauka (наука), #_nauchnopopuljarnye_lektsii (научно-популярные лекции), #_hemoinformatika (хемоинформатика), #_letnjaja_shkola (летняя школа), #_sravnitelnaja_genomika (сравнительная геномика), #_massspektrometrija (масс-спектрометрия), #_uchebnyj_protsess_v_it (
Учебный процесс в IT
), #_nauchnopopuljarnoe (
Научно-популярное
), #_biotehnologii (
Биотехнологии
)
Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете голосовать в опросах
Вы не можете прикреплять файлы к сообщениям
Вы не можете скачивать файлы
Текущее время: 22-Ноя 15:43
Часовой пояс: UTC + 5
| Автор | Сообщение |
|---|---|
|
news_bot ®
Стаж: 6 лет 9 месяцев |
|
|
Каждый год летом проходит шестидневная школа по биоинформатике, на которой сто студентов и аспирантов – биологов и программистов – погружаются в изучение основ биоинформатики по интенсивной программе. В 2020 летняя школа, как и многие другие мероприятия, прошла онлайн и в сокращенном формате. За три дня участники из разных городов России и ближайших стран знакомились с обзором направлений в биоинформатике, пробовали свои силы в программировании, поиске геномных ассоциаций и хемоинформатике. Традиционно мы записали несколько лекций школы и делимся видео и слайдами. Помеченные звёздочкой «*» можно смотреть без подготовки. Приятного просмотра!  1. *Биоинформатика в 2025: чего ждать в следующие 5 лет? | Александр Предеус, Институт биоинформатики/University of Liverpool Видео Слайды В течение последних 10 лет геномная биоинформатика пережила стремительный рост популярности и стала обязательной частью практически всех наук о живом. Причина этому — революционный прогресс методов и падение стоимости секвенирования ДНК. Александр представил обзор прогресса в биоинформатике секвенирования и рассказал о своем видении того, как она будет развиваться в ближайшие 5 лет, и какие направления кажутся самыми перспективными. Лектор обсудил секвенирование длинными прочтениями, расширение возможностей современной эпидемиологии и инфекционной медицины за счет геномных исследований, а также развитие транскриптомики одиночных клеток.  2. *Введение в технологии секвенирования и форматы данных | Юрий Барбитов, Институт биоинформатики Видео Слайды Юрий показал принцип процесса секвенирования в современных приборах, форматы хранения сырых и предобработанных данных секвенирования. Отдельно лектор говорил о том, как облачные технологии и платформы позволяют упростить работу с большими биоинформатическими данными.  3. Вычислительные методы в анализе данных масс-спектрометрии | Алексей Гуревич, Центр алгоритмической биотехнологии СПбГУ Видео Слайды Тандемная масс-спектрометрия — мощный аналитический инструмент, применяемый в протеомике, биохимии, разработке новых лекарств и многих других областях. При этом данные масс-спектрометрии устроены значительно сложнее, чем данные секвенирования нового поколения (NGS). Их анализ требует применения нетривиальных вычислительных методов. В лекции рассматриваются базовые понятия и принципы масс-спектрометрии. Алексей рассказывает, какие вычислительные задачи возникают при анализе данных масс-спектрометрии, и как они решаются в современных биоинформатических программах.  4. Методы сравнительной геномики прокариот и их применение для задач эволюционной биологии и биомедицины | Ольга Бочкарева, IST Austria Видео Слайды Ольга рассказала про основные эволюционные процессы, происходящие в геномах прокариот: гомологичную рекомбинацию и горизонтальный перенос генов, а также проблему их влияния на фенотип. Лектор разобрала ряд свежих публикаций, в которых с помощью методов сравнительной геномики были выявлены генетические факторы, сформировавшие новые фенотипические свойства патогенов человека. 5. *Публикации — что-где-когда | Олег Шпынов, JetBrains Research Видео Слайды Лекция Олега посвящена тому, как люди работают с научными публикациями. Лектор пробует дать ответы на волнующие многих вопросы: как находить важное, видеть тренды, и можно ли заранее предсказать успешность статьи.  6. Практика по хемоинформатике и дизайну малых молекул | Тимур Маджидов, КФУ, Казань и Павел Полищук, Университет Палацкого в Оломоуце, Чехия Видео Слайды Хемоинформатика применяет информационные технологии к решению химических проблем. Цель и задача химии, в конечном итоге, – создание молекул, обладающих желаемыми свойствами. Создание лекарственных препаратов как малых молекул с набором определенных параметров биоактивности – одна из таких задач. В ходе занятия преподаватели дали широкий взгляд на задачи и достижения хемоинформатики. А на практическом примере рассмотрели, как можно применять один из ее инструментов – фармакофорное моделирование – для дизайна молекул с заданной биоактивностью. Отдельно показано, как создавать фармакофорные модели, как валидировать и как использовать их для виртуального скрининга – поиска молекул с желаемыми свойствами.  Для заинтересованных Школа 2020 состоялась в пандемию благодаря поддержке компании JetBrains, за что выражаем ей огромную благодарность! Летние школы по биоинформатике проходят каждый год с 2013 года. На YouTube-канале опубликованы в открытом доступе видеозаписи школ прошедших лет по самым разным темам. Если примеров биоинформатических задач в приведенных лекциях оказалось мало, то можно почитать статью на Habr про анализ данных ChIP-seq, написанную по итогам семестрового проекта в Институте биоинформатики. А для желающих глубоких знаний — до 1 марта открыт прием заявок на программу переподготовки по биоинформатике в Петербурге или онлайн, бесплатную для студентов. Скоро будут проходить дни открытых дверей. Надеемся, в этом году состоится полноценная летняя школа 2021 и еще больше лекций. До новых встреч и всем биоинформатики!  =========== Источник: habr.com =========== Похожие новости:
Учебный процесс в IT ), #_nauchnopopuljarnoe ( Научно-популярное ), #_biotehnologii ( Биотехнологии ) |
|
Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете голосовать в опросах
Вы не можете прикреплять файлы к сообщениям
Вы не можете скачивать файлы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете голосовать в опросах
Вы не можете прикреплять файлы к сообщениям
Вы не можете скачивать файлы
Текущее время: 22-Ноя 15:43
Часовой пояс: UTC + 5