Мышление происходит не в мозгу человека, не в мозгу команды, а в мозгах+экзокортексах, и происходит оно обычно при письме.
Ты свои мысли пишешь, и это и есть «думаешь»: мышление происходит по мере формулирования и уточнения отчуждённой от тебя мысли, думать чисто "внутри головы" малопродуктивно и ведёт к ускользанию внимания, ошибкам, невнятности мыслей. 
Даже если ты «просто читаешь», то это результат «мышления письмом» другого человека. При этом «просто читая» ты не думаешь и читаешь «мимо мозга» (проверено многочисленными экспериментами на студентах -- всё помнишь за сутки перед экзаменом, затем всё забываешь за следующие сутки). 
Но если будешь практиковать при чтении мышление письмом, а именно писать свои мысли по поводу прочитанного или хотя бы пересказывать прочитанное обязательно своими словами (не цитировать cut/paste, не подчёркивать предложения и слова в тексте, который читаешь -- это бесполезно!), то только тогда можешь быть уверен, что вчитал чужие мысли себе в мозг.

Как повторить это, если твоя база знаний находится не в сети? Тут всё будет зависеть от вашего софта. Если вы используете Obsidian, то его внутренний поиск крайне мощный и позволяет проделывать даже более сложные штуки.

Если вы почти ничего не поняли, то это нормально. Анатолий Игоревич сказал, что на полное освоение и внедрение полного спектра системного мышления нужно пройти примерно два десятка курсов, прохождение которых занимает в районе двух лет.