[Работа с векторной графикой, Химия] Рисуем молекулы с помощью PostScript
Автор
Сообщение
news_bot ®
Стаж: 6 лет 11 месяцев
Сообщений: 27286
Векторная графика очень удобна для иллюстраций. Молекулы состоят из атомов соединённых связями. Хочется, чтобы операции редактирования рисунка химической структуры осуществлялись согласно физическому устройству молекул: выделил атом, перенес его, повернул фрагмент молекулы, подписал… Практически все визуализаторы атомных структур экспортируют вид в растр, что усложняет подготовку иллюстраций. В этой заметке я расскажу о способе отрисовки 3D структур в векторном формате, а также о том, как в этом поможет язык PostScript.
Вместо красивой растровой картинки (слева) получим винтажную иллюстрацию (справа).Достаточно много программ умеют экспортировать структуру в векторную графику: SVG, PDF, EPS. Однако, часто это сделано лишь формально - полученные изображения состоят из множества примитивов, разобрать их по атомам и связям практически невозможно. Размер такого векторного файла тоже большой, словом, беда. Из множества молекулярных конструкторов лишь два удовлетворяют по качеству кода векторной картинки: GaussView и Molden. Последняя программа доступна всем желающим, так что примеры построены с её помощью, тем не менее, все приведенные ниже рецепты применимы (с некоторыми модификациями) и к векторным иллюстрациям сделанными программой GaussView. Итак, Molden!
MoldenОткрываем файл со структурой, сохраняем в PostScript.PostScriptВ файле видим человеческий текст:
%!PS-Adobe-2.0 EPSF-2.0
%%Title: Molden
%%For: Schaft
%%Creator: Drs G Schaftenaar
%%DocumentFonts: Courier
%%Pages (atend)
%%BoundingBox: 0 0 612 792
%%EndComments
%
%###### User Preferences ############
%
%---- SIZE AND ORIENTATION OF THE PLOT ---
%
/size { 0.24 } def
%---- These number can be negative -------
/originx { 39.0 } def
/originy { 753.0 } def
/angle { -90.0 } def
%For Portrait use
%/originx { 40.0 } def
%/originy { 240.0 } def
%/angle { 0.0 } def
%and BoundingBox: 25 255 535 765
За отрисовку сфер-атомов отвечает процедура \doatom, за стержни - \dorod. Сначала отключим вывод логотипа Molden.
%---- Include Tabel & Logo, Fontsize -----
/tabel {true} def
/titleandlogo {true} def % ставим здесь false!
Без дальнейших модификаций рисунок будет таким, 4082 графических примитива. Несколько неудобно.
4082 примитиваЧисло примитивов можно значительно сократить небольшой правкой.
%---- SET BOND RENDERING: ---------------
%---- shadedrod, whiterod, blackrod -----
%
/doatom { dosketchysmoothatom } def
/dorod { sketchyshadedrod } def
%
% облегченные версии (меньше примитивов)
/dosketchysmoothatom % вместо прежнего doatom
{ gsave
rx ry translate
90 -15 1 % вместо прежнего цикла 90 1 1 - это единственное изменение
{ gsave
dup cos hue exch satu exch sethsbcolor sin dup scale
newpath
0 0 rad 0 360 arc
closepath fill grestore } for
grestore } def
/sketchyshadedrod
{ gsave
x1 y1 translate
x2 x1 neg add
y2 y1 neg add
{atan neg rotate} stopped not {
85 -15 0 % вместо 87 -3 0 - это единственное изменение
{dup
gsave
newpath
cos 1.0 cosb 0.5 mul neg add mul
hue exch satu exch sethsbcolor
sin 1.0 scale
1 cosb scale
0 0 hd 0 180 arcn
x2 x1 neg add dup mul
y2 y1 neg add dup mul
add sqrt
0 cosb eq {/cosb 1.0 def} if 0 exch cosb div translate
0 0 hd 180 360 arc
closepath fill
grestore } for
} if
grestore } def
Здесь уже 410 примитивов вместо 4082.Пойдем дальше и напишем на сей раз свои собственные процедуры!
/doatom { docirclecoloratom } def
/dorod { dostick } def
% ширина связи, цвет её линии, толщина штриха
/stickwidth {16} def
/stickgreycolor {0} def
/strokelinewidth {4} def
/docirclecoloratom
{ gsave
strokelinewidth setlinewidth
rx ry translate
newpath 0 0 rad 0 360 arc closepath
gsave
hue satu 1.0 sethsbcolor fill
grestore
stroke
0 0 rad 0.75 mul -60 0 arc
stroke
grestore
} def
% процедура dostick уже создана Molden
Этот код произведет такую картинку:
Это очень простой рисунок, легковесный. Каждый атом - 3 примитива. Окружность, окрашенный круг, дуга. Связь - одна линия. Легко разобрать на запчасти и сделать всё что угодно.
/docircleatom
{ gsave
strokelinewidth setlinewidth
rx ry translate
newpath 0 0 rad 0 360 arc closepath
gsave
1 setgray fill
grestore
stroke
gsave
1.00 0.55 scale
0 0 rad 0 180 arc
stroke
grestore
0.55 1.00 scale
0 0 rad -90 90 arcn
stroke
grestore
} def
Этот код радикально сведет рисунок к черному и белому. Как в старых книгах.
Я добавил подпись - длину водородной связи. Заключение
PostScript удивительно хорош в создании иллюстраций. Он лёгок в освоении. В этой заметке я привёл способ как сделать простые, но подчас очень и очень нужные вещи при подготовке публикации или постера на конференцию. Однако, можно пойти дальше! Очень рекомендую книгу Mathematical Illustrations.
===========
Источник:
habr.com
===========
Похожие новости:
- [Учебный процесс в IT, Физика, Мозг, Химия] 10 бесплатных и полезных курсов в сети, от Фейнмана до Ына (перевод)
- [Биотехнологии, Химия, Экология] Получение питьевой воды для городской квартиры: опыт использования кувшинных фильтров
- [Научно-популярное, Космонавтика, Химия] Зонд для бурения льда на других планетах испытывают в Гренландии
- [Научно-популярное, Биотехнологии, Физика, Химия] Освещая альтернативу: одноклеточные водоросли и цветные светодиоды
- [Физика, Химия] Какого цвета металлургия?
- [Читальный зал, Научно-популярное, Химия, Экология, Будущее здесь] Франсвильская биота: первые многоклеточные организмы
- [Научно-популярное, Лайфхаки для гиков, Здоровье, Химия, Экология] Заметки фитохимика 2021. БОРЩЕВИК
- [Энергия и элементы питания, Транспорт, Химия, Будущее здесь] Развитие аккумуляторов происходит по их собственному «закону Мура» (перевод)
- [Научно-популярное, Биотехнологии, Химия, Экология] Странная парочка: основа симбиоза гавайского кальмара и светящихся бактерий
- [Научно-популярное, Физика, Здоровье, Химия] Сонолитография: акустическая печать микрочастицами
Теги для поиска: #_rabota_s_vektornoj_grafikoj (Работа с векторной графикой), #_himija (Химия), #_postscript, #_himija (химия), #_molekuly (молекулы), #_molden, #_rabota_s_vektornoj_grafikoj (
Работа с векторной графикой
), #_himija (
Химия
)
Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете голосовать в опросах
Вы не можете прикреплять файлы к сообщениям
Вы не можете скачивать файлы
Текущее время: 03-Фев 10:59
Часовой пояс: UTC + 5
| Автор | Сообщение |
|---|---|
|
news_bot ®
Стаж: 6 лет 11 месяцев |
|
|
Векторная графика очень удобна для иллюстраций. Молекулы состоят из атомов соединённых связями. Хочется, чтобы операции редактирования рисунка химической структуры осуществлялись согласно физическому устройству молекул: выделил атом, перенес его, повернул фрагмент молекулы, подписал… Практически все визуализаторы атомных структур экспортируют вид в растр, что усложняет подготовку иллюстраций. В этой заметке я расскажу о способе отрисовки 3D структур в векторном формате, а также о том, как в этом поможет язык PostScript.  Вместо красивой растровой картинки (слева) получим винтажную иллюстрацию (справа).Достаточно много программ умеют экспортировать структуру в векторную графику: SVG, PDF, EPS. Однако, часто это сделано лишь формально - полученные изображения состоят из множества примитивов, разобрать их по атомам и связям практически невозможно. Размер такого векторного файла тоже большой, словом, беда. Из множества молекулярных конструкторов лишь два удовлетворяют по качеству кода векторной картинки: GaussView и Molden. Последняя программа доступна всем желающим, так что примеры построены с её помощью, тем не менее, все приведенные ниже рецепты применимы (с некоторыми модификациями) и к векторным иллюстрациям сделанными программой GaussView. Итак, Molden!  MoldenОткрываем файл со структурой, сохраняем в PostScript.PostScriptВ файле видим человеческий текст: %!PS-Adobe-2.0 EPSF-2.0
%%Title: Molden %%For: Schaft %%Creator: Drs G Schaftenaar %%DocumentFonts: Courier %%Pages (atend) %%BoundingBox: 0 0 612 792 %%EndComments % %###### User Preferences ############ % %---- SIZE AND ORIENTATION OF THE PLOT --- % /size { 0.24 } def %---- These number can be negative ------- /originx { 39.0 } def /originy { 753.0 } def /angle { -90.0 } def %For Portrait use %/originx { 40.0 } def %/originy { 240.0 } def %/angle { 0.0 } def %and BoundingBox: 25 255 535 765 %---- Include Tabel & Logo, Fontsize -----
/tabel {true} def /titleandlogo {true} def % ставим здесь false!  4082 примитиваЧисло примитивов можно значительно сократить небольшой правкой. %---- SET BOND RENDERING: ---------------
%---- shadedrod, whiterod, blackrod ----- % /doatom { dosketchysmoothatom } def /dorod { sketchyshadedrod } def % % облегченные версии (меньше примитивов) /dosketchysmoothatom % вместо прежнего doatom { gsave rx ry translate 90 -15 1 % вместо прежнего цикла 90 1 1 - это единственное изменение { gsave dup cos hue exch satu exch sethsbcolor sin dup scale newpath 0 0 rad 0 360 arc closepath fill grestore } for grestore } def /sketchyshadedrod { gsave x1 y1 translate x2 x1 neg add y2 y1 neg add {atan neg rotate} stopped not { 85 -15 0 % вместо 87 -3 0 - это единственное изменение {dup gsave newpath cos 1.0 cosb 0.5 mul neg add mul hue exch satu exch sethsbcolor sin 1.0 scale 1 cosb scale 0 0 hd 0 180 arcn x2 x1 neg add dup mul y2 y1 neg add dup mul add sqrt 0 cosb eq {/cosb 1.0 def} if 0 exch cosb div translate 0 0 hd 180 360 arc closepath fill grestore } for } if grestore } def  Здесь уже 410 примитивов вместо 4082.Пойдем дальше и напишем на сей раз свои собственные процедуры! /doatom { docirclecoloratom } def
/dorod { dostick } def % ширина связи, цвет её линии, толщина штриха /stickwidth {16} def /stickgreycolor {0} def /strokelinewidth {4} def /docirclecoloratom { gsave strokelinewidth setlinewidth rx ry translate newpath 0 0 rad 0 360 arc closepath gsave hue satu 1.0 sethsbcolor fill grestore stroke 0 0 rad 0.75 mul -60 0 arc stroke grestore } def % процедура dostick уже создана Molden  Это очень простой рисунок, легковесный. Каждый атом - 3 примитива. Окружность, окрашенный круг, дуга. Связь - одна линия. Легко разобрать на запчасти и сделать всё что угодно. /docircleatom
{ gsave strokelinewidth setlinewidth rx ry translate newpath 0 0 rad 0 360 arc closepath gsave 1 setgray fill grestore stroke gsave 1.00 0.55 scale 0 0 rad 0 180 arc stroke grestore 0.55 1.00 scale 0 0 rad -90 90 arcn stroke grestore } def  Я добавил подпись - длину водородной связи. Заключение  PostScript удивительно хорош в создании иллюстраций. Он лёгок в освоении. В этой заметке я привёл способ как сделать простые, но подчас очень и очень нужные вещи при подготовке публикации или постера на конференцию. Однако, можно пойти дальше! Очень рекомендую книгу Mathematical Illustrations. =========== Источник: habr.com =========== Похожие новости:
Работа с векторной графикой ), #_himija ( Химия ) |
|
Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете голосовать в опросах
Вы не можете прикреплять файлы к сообщениям
Вы не можете скачивать файлы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете голосовать в опросах
Вы не можете прикреплять файлы к сообщениям
Вы не можете скачивать файлы
Текущее время: 03-Фев 10:59
Часовой пояс: UTC + 5