import click

@click.group()
def cli():
    pass

$ app login
Email:
Password:

$ app login
Logged in!

@cli.command(help="Login into your account.")
@click.option(
    '--email',
    prompt=True,
    help='Registered email address.')
@click.option(
    '--password',
    prompt=True,
    hide_input=True,
    help='Password provided at registration.'
    )
def login(email, password):
        pass
if __name__ == '__main__':
    cli()

.
├── auth.py
└── app.py

@cli.command(help="Login into your account.")
@click.option(
    '--email',
    prompt=auth.prompt_desicion,
    help='Registered email address.')
@click.option(
    '--password',
    prompt=auth.prompt_desicion,
    hide_input=True,
    help='Password provided at registration.'
    )
def login(email, password):
        pass
if __name__ == '__main__':
    cli()

import requests
import secretstorage
import json

class Auth:
    def __init__(self, email=None, password=None):
        # атрибуты, по которым осуществляется поиск элемента
        # Secret Service
        self._attributes = {'application': 'MyApp'}
        # подключение к Dbus
        self._connection = secretstorage.dbus_init()
        # запрос коллекции по-умолчанию
        self._collection = secretstorage.collection.get_default_collection(
            self._connection
            )
        # запрос всех элементов коллекции с указанными атрибутами
        self._items = self._collection.search_items(self._attributes)
        # получение конечного атрибута
        self._stored_secret = self.get_stored_secret()

class Auth:
        def get_stored_secret(self):
        for item in self._items:
            if item:
                return json.loads(item.get_secret())

class Auth:
        def __init__(self, email=None, password=None):
                # все, что было написано до этого
                self.prompt_desicion = False

class Auth:
        def __init__(self, email=None, password=None):
                # все, что было написано до этого
                # если секрет получен
                if self._stored_secret:
            # он будет доступен в атрибуте token
            self.token = self._stored_secret['token']
        # если пароль и почта запрошены у пользователя
        elif email and password:
            # получить токен у WEB API
            self.token = self.get_token(email, password)
            # сохранить токен как актуальный
            self._valid_secret = {'token': self.token}
            # сохранить токен в Secret Service
            self.set_stored_secret()
        else:
            # если токена нет в Secret Storage, нужно запросить почту и пароль
            # пользователя
            self.prompt_desicion = True

class Auth:
        def get_token(self, email: str, password: str) -> str:
        try:
            response = requests.post(
                API_URL,
                data={
                    'email': email,
                    'passwd': password
                    })
            data = response.json()
        except requests.exceptions.ConnectionError:
            raise requests.exceptions.ConnectionError()
        if response.status_code != 200:
            raise requests.exceptions.HTTPError(data['msg'])
        return data['data']['token']

class Auth:
        def set_stored_secret(self):
        self._collection.create_item(
            'MyApp',
            self._attributes,
            bytes((json.dumps(self._valid_secret)), 'utf-8')
            )

from auth import Auth

auth = Auth()

@cli.command(help="Login into VPN Manager account.")
@click.option(
    '--email',
    prompt=auth.prompt_desicion,
    help='Registered email address.')
@click.option(
    '--password',
    prompt=auth.prompt_desicion,
    hide_input=True,
    help='Password provided at registration.'
    )

def login(email, password):
    global auth
    try:
        # если было принято решение о запросе почты и пароля
        if auth.prompt_desicion:
            # получить новый токен и сохранить его в Secret Storage
            auth = Auth(email, password)
    except Exception:
        return click.echo('No API connection')
    # далее следует любая логика работы, связанная с токеном.
    click.echo(auth.token)

$ python app.py
Usage: app.py [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...
Options:
  --help  Show this message and exit.
Commands:
  login  Login into your account.

$ python app.py login --help
Usage: app.py login [OPTIONS]
  Login into your account
Options:
  --email TEXT     Registered email address
  --password TEXT  Password provided at registration
  --help           Show this message and exit.