$classes = [
    'Namespace\\Package\\ClassName' => '/path/to/class.php'
];
Loader::registerAutloadClasses(null, $classes);

namespace Ramapriya\LoadManager;
use Bitrix\Main\Loader;
class Autoload
{
}

public static function scanDirectory(string $dir) : array
    {
        $result = [];
        $scanner = scandir($dir); // сканируем содержимое директории
        foreach ($scanner as $scan) {
            switch ($scan) {
                // пропускаем
                case '.':
                case '..':
                    break;
                default:
// получаем путь вложенной папки или файла
                    $item = $dir . '/' . $scan;
                    $SplFileInfo = new \SplFileInfo($item);
                    if($SplFileInfo->isFile()) {
// если элемент является файлом, кладём в возвращаемый массив
                        $result[] = $scan;
                    } elseif ($SplFileInfo->isDir()) {
// если элемент является директорией, вызываем текущую функцию и результаты кладём в возвращаемый массив
                        $result[$scan] = self::scanDirectory($item, $result[$scan]);
                    }
            }
        }
        return $result;
    }

/* Тут уже добавляется переменная $defaultNamespace, которая и будет являться основой для имени класса.
Также добавим массив php-файлов, которые не должны попасть в автозагрузчик
*/
    public static function prepareAutoloadClassesArray(string $directory, string $defaultNamespace, array $excludeFiles) : array
    {
        $result = [];
// вызываем предыдущий метод
        $scanner = self::scanDirectory($directory);
        foreach ($scanner as $key => $value) {
            $sep = '\\';
            switch(gettype($key)) {
                case 'string':
// если тип ключа является строкой, скорее всего это директория
                    $SplFileInfo = new \SplFileInfo($directory . '/' . $key);
                    $classNamespace = $defaultNamespace . $sep . $key;
                    if($SplFileInfo->isDir()) {
// ещё раз проверяем, является ли ключ директорией, и если является, то вызываем текущую функцию, передавая в качестве аргументов полученные значения
                        $tempResult = self::prepareAutoloadClassesArray($directory . '/' . $key, $classNamespace, $excludeFiles);
                        foreach($tempResult as $class => $file) {
// делаем прогон массива и записываем полученные данные в результат
                            $result[$class] = $file;
                        }
                    }
                    break;
                case 'integer':
// если тип ключа - число, то с большой долей вероятности значением является файл
                    $SplFileInfo = new \SplFileInfo($directory . '/' . $value);
// получаем название класса из файла (поэтому я рекомендую именовать файлы и папки с соблюдением того же регистра, что и в классах)
                    $classNamespace = $defaultNamespace . $sep . str_ireplace('.php', '', $SplFileInfo->getBasename());
// далее проверяем является ли значение php-файлом
                    if(
                        $SplFileInfo->isFile() &&
                        $SplFileInfo->getExtension() === 'php'
                    ) {
// прогоняем массив исключаемых файлов и проверяем, нет ли их среди наших значений
                        foreach($excludeFiles as $excludeFile) {
                            if($SplFileInfo->getBasename() !== $excludeFile) {
// записываем в массив относительный путь файла с классом
                                $result[$classNamespace] = str_ireplace($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'], '', $directory . '/' . $value);
                            }
                        }
                    }
                    break;
            }
        }
        return $result;
    }

<?php
namespace Ramapriya\Exceptions;
class MainException extends \Exception
{
    public function __construct($message = null, $code = 0, Exception $previous = null)
    {
        parent::__construct($message, $code, $previous);
    }
}

throw new Ramapriya\Exceptions\MainException('test exception');

public static function loadClasses(array $classes, $moduleId = null)
    {
        Loader::registerAutoloadClasses($moduleId, $classes);
    }

<?php
use Bitrix\Main\Loader;
use Bitrix\Main\Application;
use Ramapriya\LoadManager\Autoload;
// загружаем наш модуль - обязательно нужно перед этим его установить, иначе ничего не будет работать
Loader::includeModule('ramapriya.loadmanager');
$defaultNamespace = 'Ramapriya';
$excludeFiles = ['include.php'];
$libDir = Application::getDocumentRoot() . '/local/php_interface/lib';
$autoloadClasses = Autoload::prepareAutoloadClassesArray($libDir, $defaultNamespace, $excludeFiles);
Autoload::loadClasses($autoloadClasses);

// init.php
$includeFile = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . '/local/php_interface/lib/include.php';
if(file_exists($includeFile)) {
    require_once $includeFile;
}